Selama menjadi hakim, ia sempat menangani beberapa kasus besar seperti menolak gugatan Penundaan Kewajiban Pembayaran Utang (PKPU) yang diajukan Indo Airline kepada PT Garuda Indonesia pada Oktober 2021.
Namun. Heru Hanindyo ditangkap oleh Kejaksaan Agung setelah terjerat kasus suap dalam memberikan vonis bebas terhadap Ronald Tannur.