1. Penyisipan Pasal 6A tentang pembentukan kementerian baru yang berbasis sub-urusan pemerintahan, selama memiliki keterkaitan dengan ruang lingkup urusan pemerintahan.
2. Penyisipan Pasal 9A yang memungkinkan perubahan penulisan, pencantuman, dan pengaturan unsur organisasi oleh presiden sesuai kebutuhan.
3. Penghapusan penjelasan Pasal 10 akibat putusan Mahkamah Konstitusi no. 79/PUU-IX/2011.
4. Perubahan Pasal 15 dan penjelasannya, terkait jumlah kementerian yang disesuaikan dengan kebutuhan presiden.
5. Perubahan judul BAB VI menjadi "Hubungan Fungsional Kementerian dan lembaga pemerintah nonkementerian, lembaga nonstruktural, dan lembaga pemerintah lainnya," sebagai penyesuaian terminologi lembaga nonstruktural di Pasal 25.
6. Penambahan ketentuan mengenai tugas pemantauan dan peninjauan terhadap undang-undang di Pasal II.

Menilik Singkat UU Wantimpres

Ketua Badan Legislatif, Wihadi Wiyanto, memaparkan beberapa perubahan dalam RUU Wantimpres dibandingkan UU sebelumnya. Salah satu perubahan adalah jabatan Ketua Dewan Pertimbangan Presiden bisa dijabat bergantian, serta jumlah anggota Wantimpres yang tidak dibatasi.

Wihadi juga mengusulkan perubahan Pasal 8G terkait syarat menjadi anggota Wantimpres bagi terpidana dengan hukuman di bawah 5 tahun, yang sebelumnya disepakati di tingkat I, menjadi syarat bahwa calon tidak pernah dijatuhi pidana.