Kemudian melanjutkan pendidikan di SMA Kolese Kanisius Jakarta Pusat pada tahun 1988 dan lulus pada tahun 1990. Setelah menyelesaikan SMA, Setiadi mulai belajar ilmu komunikasi di Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Indonesia (FISIP UI).

Budi mengikuti berbagai organisasi mahasiswa, seperti pers mahasiswa, komunitas olahraga, dan organisasi politik mahasiswa. Dia dijuluki Muni selama waktunya di universitas. Ia pernah menjabat sebagai Ketua Badan Perwakilan Mahasiswa (BPM) FISIP UI pada tahun 1994, serta anggota presidium senat mahasiswa UI dari tahun 1994 hingga 1995.

Setiadi terlibat dalam pendirian Forum Studi Mahasiswa UI (FSM) dan aktif terlibat dalam Kelompok Pembela Mahasiswa (KPM) UI. Di bidang jurnalistik, Setiadi menjadi pemimpin redaksi majalah mahasiswa UI, Suara Mahasiswa, dari tahun 1993 hingga 1994.

Saat reformasi bergejolak 1998, ia menginisiasi dan mendirikan surat kabar yang kritis, "BERGERAK" pada tahun 1998. Bersama wartawan Tempo yang baru saja dibredel, ia aktif mengelola mingguan Media Indonesia pada tahun 1994-1996. Selanjunya bersama beberapa seniornya ia ikut menjadi bagian awal dari berdirinya Mingguan Ekonomi Kontan. Budi menjadi jurnalis Kontan dari tahun 1996 hingga 2001.

Budi juga terlibat dalam pengorganisasian protes terhadap kebijakan rektor UI saat itu. Kemunculan Setiadi yang sering protes menarik perhatian dekannya yang kerap menanyakan kapan dirinya akan diwisuda. Ia telah menyelesaikan kuliahnya pada tahun 1994, tetapi butuh beberapa tahun untuk menyelesaikan skripsinya. Ia akhirnya lulus dan menerima gelar sarjana sosial dalam komunikasi pada tahun 1996.

Budi melanjutkan studi pascasarjana di bidang manajemen pembangunan sosial di Fakultas Ekonomi dan Bisnis UI. Ia menyelesaikan studi pascasarjana pada tahun 2006.

Budi terlibat dalam aksi protes yang terjadi pada saat jatuhnya Suharto pada tahun 1998. Ia terpilih menjadi ketua Ikatan Alumni UI tahun itu dan menjabat hingga tahun 2001. Ia kemudian mendirikan Gerakan Sarjana Jakarta (GSJ) dan Masyarakat Profesi Indonesia (MPI). Bersama aktivis mahasiswa dan alumni UI lainnya, ia juga membidani lahirnya Keluarga Besar (KB) UI.