Pada tahun 2015 hingga 2020, ia menjabat sebagai Direktur Program di International NGO Forum on Indonesian Development (INFID), sebuah organisasi non-pemerintah yang fokus pada advokasi kebijakan nasional dan internasional terkait pembangunan serta demokratisasi di Indonesia.
 
Sebelum itu, Mugiyanto juga aktif di Ikatan Keluarga Orang Hilang Indonesia (IKOHI), di mana ia menjabat sebagai Ketua IKOHI selama periode 2000-2014. IKOHI merupakan lembaga swadaya masyarakat yang fokus pada bantuan bagi korban pelanggaran hak asasi manusia.
 
Selain aktif di dalam negeri, Mugiyanto juga terlibat dalam Federasi Asia Melawan Penghilangan Paksa (AFAD) yang berpusat di Manila, Filipina, selama periode 2006-2014. AFAD merupakan federasi organisasi hak asasi manusia yang berfokus pada isu penghilangan paksa di Asia.
 
Mugiyanto memiliki pengalaman yang luas dalam mengkampanyekan, melobi, dan mengadvokasi keadilan transisi di Indonesia, Asia, serta di tingkat Badan Hak Asasi Manusia PBB.
 
Ia juga pernah menjabat sebagai anggota Komite Pengarah Koalisi Internasional Melawan Penghilangan Paksa (ICAED) dan Ketua Koalisi Masyarakat Sipil Indonesia untuk Koalisi untuk Pengadilan Kriminal Internasional (CICC) pada tahun 2007-2009.