13. Jenderal TNI Wiranto

Masa jabatan: 16 Februari 1998 - 26 Oktober 1999
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)

14. Laksamana TNI Widodo Adi Sutjipto

Masa jabatan: 26 Oktober 1999 - 7 Juni 2002
Berasal dari TNI Angkatan Laut (TNI AL)

15. Jenderal TNI Endriartono Sutarto

Masa jabatan: 7 Juni 2002 - 13 Februari 2006
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)

16. Marsekal TNI Djoko Suyanto

Masa jabatan: 13 Februari 2006 - 28 Desember 2007
Berasal dari TNI Angkatan Udara (TNI AU)

17. Jenderal TNI Djoko Santoso

Masa jabatan: 28 Desember 2007 - 28 September 2010
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)

18. Laksamana TNI Agus Suhartono

Masa jabatan: 28 September 2010 - 30 Agustus 2013
Berasal dari TNI Angkatan Laut (TNI AL)

19. Jenderal TNI Moeldoko

Moeldoko (YouTube ntvnewsdotid)

Masa jabatan: 30 Agustus 2013 - 8 Juli 2015
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)