Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 68 Tahun 2001, wakil menteri menerima gaji sebesar 85% dari tunjangan jabatan menteri. Dengan tunjangan jabatan menteri sebesar Rp13,61 juta per bulan, wakil menteri akan mendapatkan gaji sebesar Rp11,57 juta per bulan.

Wakil menteri selain menerima gaji, juga mendapatkan hak keuangan yang setara dengan 135% dari tunjangan kinerja pejabat struktural eselon IA dengan peringkat tertinggi yang berlaku di kementerian mereka. Mereka juga mendapatkan fasilitas seperti kendaraan dinas, rumah jabatan, dan jaminan kesehatan.