Fahd A Rafiq terlihat dalam dugaan suap sebesar Rp3,4 miliar terkait pengadaan Al Quran pada tahun 2011-2012 dan pengadaan laboratorium komputer MTS Kementerian Agama.

Atas perbuatanya, Fahd A Rafiq dijatuhkan vonis 4 tahun penjara dan denda Rp200 juta serta subsider 3 bulan oleh Ketua Majelis Hakim Haryono di Pengadilan Tindakan Pidana Korupsi (Tipikor) Kamis 28 Agustus 2017 lalu.