Pernikahan pertamanya dengan Amrita Singh berakhir pada 2004, dengan dua anak tinggal bersama ibunya. Setelah itu, ia berkencan dengan Rosa Catalano, namun hubungan berakhir. Pada 2012, Saif menikahi Kareena Kapoor setelah menjalin hubungan sejak 2007.

Selain itu, ia pernah terlibat kasus hukum karena insiden pemukulan terhadap seorang pria asal Afrika Selatan. Ayahnya, Mansoor Ali Khan, meninggal pada 22 September 2011.