Pada 21 November 2013, Paus Fransiskus menunjuknya sebagai Uskup Bogor, dan ia ditahbiskan pada 22 Februari 2014. Mgr Paskalis memilih motto "Magnificat anima mea dominum," yang artinya "Jiwaku memuliakan Tuhan" (Luk 1:46).

Pada Minggu, 6 Oktober 2024, Paus Fransiskus mengangkatnya sebagai Kardinal bersama 21 kardinal lainnya dari seluruh dunia.

Dalam Gereja Katolik, para kardinal bertugas menghadiri rapat dewan suci dan memberikan nasihat kepada Sri Paus kapanpun diperlukan. Selain itu, mereka juga berperan dalam memilih Paus dan membantu dalam pemerintahan Gereja Katolik Roma di seluruh dunia.