Namun, puncak karier politik Sakti Wahyu Trenggono terjadi saat ia dilantik menjadi Menteri Kelautan dan Perikanan pada 23 Desember 2020.

Penunjukan ini dilakukan setelah Edhy Prabowo, pendahulunya, tersandung kasus korupsi terkait izin ekspor benih lobster. Sebagai Menteri Kelautan dan Perikanan, Sakti berfokus pada modernisasi sektor kelautan dan perikanan Indonesia.

Dalam jabatannya, Sakti telah melakukan berbagai reformasi, termasuk pengelolaan perikanan tangkap, budidaya perikanan, dan tata kelola ruang laut.