Selama periode ini, Rachmat aktif menjalin kemitraan dan mendorong pengembangan sektor pertanian secara lebih modern dan terintegrasi.

Tidak hanya di kementerian, Rachmat juga diberi tanggung jawab sebagai Ketua Dewan Pengawas Perusahaan Umum Badan Urusan Logistik (BULOG) dari 2003 hingga 2007.

Dalam posisi ini, ia memainkan peran penting dalam mengawasi distribusi pangan di Indonesia, memastikan ketersediaan logistik dan menjaga stabilitas harga pangan.

Selain itu, ia juga aktif dalam organisasi Himpunan Kerukunan Tani Indonesia (HKTI), sebuah lembaga yang fokus memperjuangkan hak-hak petani dan memajukan sektor pertanian di tanah air.

Pada 2008, Rachmat Pambudy bergabung dengan Partai Gerindra yang dipimpin oleh Prabowo Subianto.

Tidak hanya sebagai anggota biasa, Rachmat memegang peran kunci dalam partai. Ia diberi mandat sebagai Sekretaris Jenderal dan kemudian menjabat sebagai Wakil Ketua Umum HKTI, mendampingi Prabowo yang juga aktif dalam organisasi tersebut.

Pada Pilpres 2009, nama Rachmat sempat diusulkan oleh Prabowo Subianto sebagai calon Menteri Pertanian di Kabinet Indonesia Bersatu II.