Ia ikut serta mengorganisasi gerakan-gerakan melawan rezim Orde Baru bersama KAMMI. Bahkan, setelah jatuhnya Soeharto, ia bersama gerakannya tetap mendukung presiden baru B.J. Habibie, meskipun sebagian besar mahasiswa saat itu mulai menentang Habibie yang dianggap tidak berbeda dengan pendahulunya.

Fahri terpilih menjadi staf ahli Majelis Permusyawaratan Rakyat periode 1999–2002 dan ikut dalam diskusi-diskusi terkait amendemen UUD 1945.