Selama proses persidangan, Mary Jane tetap bersikukuh tidak bersalah. Presiden Filipina kemudian berharap agar Mary Jane mendapat grasi.
Mary Jane Veloso (Al Jazeera)
Permohonan grasi untuk Mary Jane, yang termasuk dalam 11 terpidana mati lainnya, ditolak oleh Presiden Jokowi melalui Keputusan Presiden (Keppres) tertanggal 30 Desember 2014.
Tim pengacara Mary Jane kemudian mengajukan Peninjauan Kembali (PK) kedua di Pengadilan Negeri (PN) Sleman pada 27 April 2015, saat eksekusi mati tinggal beberapa hari lagi, yang akhirnya dijadwalkan pada 29 April 2015. Namun, PK tersebut ditolak oleh PN Sleman sehari setelah diajukan.
Pada saat itu, Mary Jane sudah dipindahkan dari LP Kelas IIA Wirogunan Yogyakarta ke LP Nusakambangan pada 24 April 2015 sekitar pukul 01.40 WIB untuk mempersiapkan eksekusi mati.
Namun, pada saat eksekusi yang seharusnya dilaksanakan pada malam menjelang 29 April 2015, keputusan tersebut dibatalkan tepat di detik-detik terakhir. Mary Jane tidak masuk dalam daftar terpidana mati yang dibawa ke lokasi eksekusi di Lapangan Limus Buntu sekitar pukul 00.00 WIB, dan ia akhirnya dikembalikan ke LP Wirogunan.