Saat berkuliah, Budi aktif dalam organisasi, termasuk menjadi Sekretaris Jenderal Ikatan Senat Mahasiswa Kedokteran (IMSK) dan mengajar matematika di lembaga bimbingan belajar Technos di Kertajaya.

Budi menyelesaikan seluruh pendidikan kedokterannya di Universitas Airlangga, meraih gelar sarjana pada 1989, spesialisasi dalam Ginekologi dan Onkologi pada 1998, dan gelar doktor pada 2009.

Karier medis Budi dimulai sebagai staf medis di Departemen Obstetri dan Ginekologi RSUP Dr. Soetomo pada 1994, jabatan yang masih dipegangnya hingga kini.

Baca Juga: Lahir dari Keluarga Penjual Nasi Goreng, Mahasiswa UNAIR Ini Raih IPK 3,8

Selain itu, Budi pernah menjabat sebagai Sekretaris II IDI Surabaya (2011-2014), Koordinator Program Studi Magister Ilmu Kesehatan Reproduksi FK Unair (2011-2015), serta memiliki pengalaman sebagai kepala Unit Penelitian dan Pengabdian Masyarakat FK Unair (2012-2015) dan Wakil Dekan Bidang Keuangan dan Sumber Daya FK Unair hingga 2020. Pada periode 2020-2025, Budi menjabat sebagai Dekan FK Unair.

Budi juga aktif dalam berbagai organisasi profesional, termasuk sebagai Dewan Pakar di PERFITRI dan Ketua AIPKI untuk periode 2022-2025. Selain menjadi praktisi medis dan akademisi, Budi juga dikenal sebagai penulis buku ilmiah di bidang kedokteran, antara lain "Bayi Tabung: Jalan Terakhir Pejuang Dua Garis" (2020) dan "Panduan Kesehatan Reproduksi Wanita" yang terbit dalam dua volume, dengan volume pertama pada 2007.