Salah satu tonggak penting dalam kariernya adalah menjabat sebagai Kepala Badan Kebijakan Fiskal Kementerian Keuangan (2003-2010), di mana ia memainkan peran sentral dalam penyusunan kebijakan fiskal nasional. Ia juga pernah menjadi Staf Ahli Menteri Keuangan pada 1999-2003.

Selain berkarier di pemerintahan, Anggito juga terlibat dalam pengelolaan keuangan haji.

Ia menjabat sebagai Direktur Jenderal Penyelenggaraan Ibadah Haji dan Umrah (PHU) Kementerian Agama (2012-2014) sebelum mengundurkan diri.

Setelah itu, ia memimpin Badan Pengelola Keuangan Haji (BPKH) dari 2017 hingga 2022, mengawasi manajemen dana haji Indonesia.

Di sektor perbankan, Anggito pernah menjadi Chief Economist di Bank BRI (2014-2017) dan Komisaris BRI Syariah (2015-2017).