Komaruddin mengaku tersentuh dengan kehadiran Paus Fransiskus ke Tanah Air. Dia menilai kedatangan Paus Fransiskus membawa kegembiraan sekaligus kecerian.  

"Sebagai warga negara dan umat beragama, sangat tersentuh, terhormat, dan pantas menghargai, memberikan welcoming (menyambut) hangat. Ini yang saya rasakan, saya juga melihat sendiri bagaimana tokoh-tokoh lintas agama datang di Masjid Istiqlal, yang semua itu menampakkan aura kegembiraan, ceria. Ibarat cuaca kering atau panas karena politik, ada hujan turun, oase, jadi sejuk suasananya, damai, kita tidak ngomong soal koalisi, Pilkada, itu semua seakan-akan lupa," jelasnya.

Dalam perjalanan terpanjangnya sejak menjadi kepala Gereja Katolik pada 2013, Paus Fransiskus mengatakan moto dari kunjungan ini adalah persaudaraan. Yakni menghidupi persaudaraan antara lain menyambut satu sama lain. Kemudian mengakui satu sama lain sebagai sederajat dalam perbedaan.

"Sebagaimana moto Paus, persaudaraan, kedamaian, cinta, dan itu muncul dari aura Paus yang otentik, bukan dibuat-buat," tukas Komaruddin.