Gagal di Pilgub Jatim, Gus Ipul maju Pilwalkot Pasuruan pada 2020. Berpasangan dengan Adi Wibowo, Gus Ipul menang dan berhak memimpin Kota Pasuruan hingga tahun 2024.

Tapi, pada tahun 2022, Gus Ipul memutuskan mundur sebagai Wali Kota Pasuruan lantaran ditunjuk menjadi Sekjen PBNU melalui Surat Keputusan PBNU Nomor 01/A.II.04/01/2022.