Skor 2-1 untuk keunggulan Borneo bertahan hingga turun minum. 

Borneo FC langsung mengambil inisiatif serangan di babak kedua. Peluang emas pun tercipta saat Stefano Lilipaly lepas dari jebakan off side pada menit ke-52. Namun tembakannya gagal berbuah gol. Upaya Fajar Fathur Rahman dari dalam kotak penalti juga belum mengubah kedudukan. 

Tendangannya terlalu lemah dan jatuh di pelukan L Frigeri. Borneo juga menekan lewat Adam Alis pada menit ke-57, tapi lagi-lagi tendangannya dengan mudah dijinakkan oleh L Frigeri.

Keasyikan menekan, Borneo FC justru kebobolan pada menit ke-58. Berawal seranga balik yang cepat, Rivera kembali melepas umpan terobosan yang mampu diselesaikan Malik Risaldi. 

Malik Risaldi kembali mencatatkan namanya di papan skor pada menit ke-67. Kali ini, memanfaatkan umpan terobosan dari Jaja. Gol kedua Risaldi membawa Madura United unggul 3-2 sekaligus memperlebar agregat dengan Borneo FC menjadi 4-2.

Tidak ada gol yang tercipta hingga peluit panjang berbunyi. Madura United tetap unggul 3-2 dan berhasil menyegel tiket ke final Championship Series Liga 1 2023/2024 dengan agregat 4-2. Sementara Borneo FC akan bertemu Bali United pada perebutan tempat ketiga. 

Babak final Championship Series Liga 1 2023/2024 berlangsung pada 26 dan 31 Mei 2024. Sementara perebutan tempat ketiga berlangsung pada 25 dan 30 Mei 2024.