Usai menyelesaikan pendidikan filsafat selama dua tahun, pada tahun 1992, Pater Markus bersama seorang rekannya dikirim untuk melanjutkan studi Teologi di Sekolah Tinggi Teologi Katolik Sankt Gabriel di Modling, Wina, Austria.

Pada tahun 1999, Pater Markus memulai studi doktoral di bidang Teologi Fundamental di Universitas Leopold Franzens, Innsbruck, Austria. Beliau berhasil meraih gelar doktor dengan predikat Summa Cum Laude pada tahun 2002.

Perjalanan Menjadi Pastor Katolik

Paus Fransiskus dan Pater Markus Solo Kewuta (YouTube: INDONESIA PAPAL VISITE COMMITTEE)

Setelah menyelesaikan pendidikan dalam bidang filsafat dan teologi, Markus Solo Kewuta memulai tugas pastoral sebagai diakon di Paroki Pischelsdorf, Steiermark, Austria, selama setengah tahun. Pada 3 Mei 1997, ia ditahbiskan menjadi imam Katolik di Rumah Misi SVD Sankt Gabriel, Wina, Austria.

Pada tahun 1997-1998, Markus melanjutkan tugasnya sebagai Pastor Pembantu di Paroki Santo Maximilian, Bischofshofen, Salzburg, Austria. Setelah menyelesaikan tugasnya di Bischofshofen pada 1999, ia mendapat penugasan baru dari pimpinan Serikat SVD di Austria. 

Sambil menyelesaikan studi doktoralnya, ia terus melayani di Paroki Schwaz dan Paroki Sankt Jodok dan Schmirn di Provinsi Tirol. Dengan dasar akademis yang kuat, Markus kembali ke Wina dan diberi kepercayaan oleh Kardinal Christoph Schönborn untuk memperkuat dialog antara umat Katolik dan umat Islam di kota tersebut.