Pada 2006, Kardinal Schönborn mengangkat Pastor Markus sebagai Rektor Institut Internasional Asia-Afrika (Afro-Asiatisches Institut, AAI) di Wina. Tak lama kemudian, kemampuan Markus dalam dialog lintas agama mendapat perhatian dari Takhta Suci Vatikan. 

Ia kemudian diminta untuk bergabung sebagai staf penasehat di Dewan Kepausan untuk Dialog Antar Umat Beragama (Pontifical Council for Interreligious Dialogue, PCID) di Vatikan. Pada Juli 2007, Markus resmi menjadi anggota Dewan Kepausan untuk Dialog Antar Umat Beragama di Vatikan. 

Di sana, ia bertanggung jawab khusus untuk menangani Desk Dialog Konflik Katolik-Islam di wilayah Asia dan Pasifik. Pada tahun 2015, Markus diberikan tanggung jawab baru sebagai Wakil Presiden Yayasan Nostra Aetate. 

Yayasan tersebut memiliki peran penting dalam memajukan Pendidikan Perdamaian dan membentuk duta perdamaian dari berbagai agama non-Kristiani. Selain itu, Markus juga dipercaya sebagai pembawa liturgi dalam acara seremonial Paus Fransiskus di Vatikan.