Namun, setelah runtuhnya Orde Baru pada tahun 1998, tuntutan reformasi muncul untuk memisahkan militer dari ranah politik. TNI mengalami transformasi besar di bawah semangat reformasi ini.

Memasuki abad ke-21, TNI terus berupaya untuk meningkatkan profesionalismenya melalui modernisasi alutsista dan pengembangan teknologi pertahanan.

TNI saat ini memiliki tiga matra, yaitu TNI Angkatan Darat (AD), TNI Angkatan Laut (AL), dan TNI Angkatan Udara (AU), yang secara bersama-sama bertanggung jawab atas keamanan wilayah Indonesia yang luas, baik di darat, laut, maupun udara.

Selain itu, TNI juga berperan aktif dalam misi perdamaian PBB, mengirimkan pasukan penjaga perdamaian ke berbagai negara konflik sebagai bentuk kontribusi Indonesia bagi perdamaian dunia.