Setahun berselang, dirinya terkena mutasi yang membuat dirinya harus menjabat sebagai Kakum Kostrad di 2024. Karier di dunia militer kemudian berlanjut setelah tahun 2015 dirinya dipercaya untuk mengisi jabatan sebagai Danpusdikkum TNI-AD. 

Kemudian, pada tahun 2018 sempat digeser menjadi Dirkumad. Dua tahun setelah itu, Wahyoedho kembali terkena mutasi untuk menduduki jabatan sebagai Wakababinkum TNI pada 2020. Setahun setelah itu, ia kemudian menjabat sebagai Kababinkum TNI. 

Lalu, pada 2022, dirinya sempat menjadi dosen tetap di Universitas Pertahanan. Setahun setelah menjadi dosen di lembaga pendidikan tersebut, Mayor Jenderal TNI Wahyoedho Indrajit dilantik sebagai Jaksa Agung Muda Bidang Tindak Pidana Militer (Jampidmil). 

Sepanjang kariernya, ia sempat memperoleh berbagai penghargaan individu seperti Bintang Kartika Eka Paksi Nararya, Satyalancana Kesetiaan 24 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 16 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 8 Tahun, dan Satyalancana Dwidya Sistha.