Saat Yani dinyatakan hilang, hubungan Pranoto dan Soeharto dikabarkan kurang harmonis. Meskipun sudah ditunjuk sebagai pengganti sementara Yani, Pranoto tidak bisa bertemu Presiden karena pimpinan Angkatan Darat sudah diambil alih oleh Soeharto. 

Setelahnya, Soeharto terkesan mematikan karier Pranoto dengan menempatkannya sebagai perwira tinggi pada KSAD. Pada 16 Februari 1966, Soeharto melalui surat perintah penangkapan, resmi meringkus Pranoto karena diduga terlibat dalam aksi pemberontakan. Pranoto kemudian ditahan selama 15 tahun.