Di Jakarta, pada 9 Oktober 1989, Paus Yohanes Paulus II memimpin misa kudus ekaristi di Stadion Utama Senayan (sekarang SUGBK) dan bertemu langsung dengan Presiden Soeharto di Istana Merdeka.

Keesokan harinya, Sri Paus mengunjungi Taman Mini Indonesia Indah (TMII) dan bertemu dengan biarawan-biarawati di Gereja Katedral Jakarta. Setelah itu, ia melanjutkan perjalanan ke Yogyakarta, di mana kedatangannya disambut oleh umat Katolik di Lapangan Dirgantara Yogyakarta.

Setelah kunjungan ke Maumere, Dili, dan Medan, Paus Yohanes Paulus II meninggalkan Indonesia pada 14 Oktober 1989.

Selama kunjungannya, Paus Yohanes Paulus II menyampaikan pesan sederhana kepada umat Katolik di Indonesia untuk memperkuat iman kepada Kristus dan meneruskan pesan kasih serta menjaga perdamaian.

Kehadirannya juga memberikan dorongan dan sukacita untuk membangkitkan semangat kerohanian di kalangan anak muda dan anak-anak yang percaya pada Yesus Kristus sebagai Juruselamat.